Desde a formação da equipe, os X-Men têm seguido o sonho do Professor X de uma coexistência pacífica entre mutantes e humanos. No entanto, Charles Xavier já fez muita coisa capaz de transformar esse sonho em um pesadelo. Veja os piores atos dele.
Alguns anos após o início da carreira dos X-Men, o Professor X fingiu sua própria morte para se preparar para uma invasão alienígena e deixou seus alunos sozinhos. O problema é que para forjar a morte, Morfo assumiu sua forma e foi, realmente, morto por um vilão.
O Professor X tenha decidiu sua vida a orientar jovens mutantes, mas admitiu suas falhas como pai para David Haller, o Legião. Charles não sabia da existência dele por mais de uma década. E no Universo Ultimate é ainda pior, pois Xavier abandonou sua família para se juntar a Magneto.
uando os X-Men originais foram capturados pela ilha viva Krakoa, incialmente Charles Xavier montou uma equipe inexperiente de mutantes. Essa equipe contava com Gabriel Summers, o Vulcano, irmão perdido de Ciclope, e todos acabaram perecendo na missão.
Quando Wolverine se juntou aos X-Men, ele havia sofrido lavagem cerebral por Romulus e ele tentou matar o Professor X. Depois de tudo, Xavier desfez telepaticamente a programação mental de Wolverine, mas isso criou ainda mais lacunas em sua memória, deixando a mente de Logan praticamente apagada.
Durante uma das batalhas mais devastadoras de Magneto com os X-Men, o Professor X desativou telepaticamente o cérebro de seu velho amigo. Os piores aspectos de suas mentes se fundiram e criaram uma nova e horrível ameaça: uma entidade psíquica chamada Massacre.
Conforme a crise do Massacre se desenrolava, os X-Men descobriram outro segredo perturbador: os Protocolos Xavier. Escondidos no laboratório da Ilha Muir de Moira MacTaggert, os Protocolos Xavier contêm planos detalhados para matar cada membro dos X-Men.
Por anos, a Sala de Perigo serviu como a academia tecnologicamente dos X-Men. No entanto, com os avanços, a Sala desenvolveu consciência. Ao saber que ela estava viva, Charles a ignorou e a manteve escondida dos X-Men. Eventualmente ela se revoltou e tentou matar todos.
Na guerra entre Orquídea e os X-Men, Charles Xavier tomou uma decisão horrível. Ele se aproximou da Sentinela Ômega e de Nimrod, os líderes das máquinas da Orquídea, e concordou em ajudá-los a destruir a humanidade em troca de um refúgio para os mutantes.