Após a estreia com vitória no Campeonato Paulista, o Santos vê com preocupação, a estreia no Campeonato Brasileiro Série B. Na competição nacional, o Santos pode iniciar com punição, devido as invasões de campo que aconteceram na última rodada do Brasileiro, contra o Fortaleza na Vila Belmiro. Na ocasião o Santos perdeu a partida por 2 a 1 e o time foi rebaixado à Série B. Com o acontecido, a torcida enfurecida invadiu o gramado e nos arredores da Vila Belmiro, cenas de violência e carros incendiados aconteceram por várias horas, após o jogo.
No próximo dia 31, o Santos será julgado pela 3ª Comissão Disciplinar do STJD. Enquadrado no Artigo 213 do CBJD, que fala sobre "deixar de tomar providências capazes de previnir e reprimir violência.", o Santos pode atuar em até 10 jogos, sem mando de campo. Outra punição que pode acontecer é financeira, com uma multa que pode chegar até R$ 100 mil.
Na ocasião, o jogo acabou terminando logo após o gol da vitória do Fortaleza, aos 49 minutos, 3 minutos antes do que o árbitro Leandro Pedro Vuaden havia prometido. A torcida começou a arremessar bombas no gramado, e o elenco do Fortaleza correu para o vestiário.
No gramado, apenas os jogadores do Santos permaneceram e mesmo com muita segurança em campo, alguns torcedores ainda tentaram invasão. Do lado de fora da Vila Belmiro, protestos e cenas de vandalismo aconteceram aos montes. Vários veículos foram queimados nos arredores da Vila Belmiro, dentre eles, o carro do atacante Stiven Mendoza.
A Série B terá início no dia 20 de abril e termina em 26 de novembro. A CBF ainda não divulgou as rodadas. Se for punido, o Santos pode ficar até 10 jogos sem o mando de campo, atuando longe da Vila Belmiro, no ano mais difícil da sua história.